Perisai : bermakna kewaspadaan dan pertahanan diri terhadap unsur-unsur negatif dari dalam maupun dari luar.
Tulisan SMP NEGERI : Tingkat sekolah menengah pertama negeri
Angka 16 : Menunjukkan nomor urut sekolah
Angka 1990 : Merupakan tahun pertama beridirinya sekolah
Samarinda : Menunjukkan letak/lokasi sekolah yang berada di Samarinda
Buku yang terbuka : Merupakan sumber ilmu pengetahuan,berwawasan luas, membuka cakrawala informasi dan komunikasi global serta membina kehidupan yang berdasarkan nilai-nilai agama
Pena emas : selalu berkarya memberikan manfaat untuk orang lain, bangsa dan negara
Bintang 16 buah membentuk rantai : Menunjukkan persatuan dan kekuatan sekolah membangun pribadi yang beriman dan bertakwa kepada Tuhan Yang Maha Esa
Pita Merah : Semangat pengabdian yang tulus dan bertanggungjawab
Warna Hijau : Peduli terhadap kelestarian lingkungan hidup dan sosial.
Warna merah : Melambangkan semangat
Warna Kuning : Menunjukkan kekekalan
Warna Biru : Menunjukkan keharmonisan, keseimbangan dan mampu sebagai teladan dan panutan bagi lingkungan.
Warna Putih : Ketulusan dalam setiap tindakan dan perkataan
Warna Hitam : Kuat, percaya diri, cinta kasih dan penuh perlindungan